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舞台是2030年的东京。东京近郊一带突然观测到了高频率的共鸣音,同时城市被红雾覆盖。而且,听到这声音的,不论动物还是人类,全都失去了意识。随着首都机能的麻痹,政府暂时将首都机能移往大阪,并预测这一现象为实体不明的病毒,出于对瘟疫的担忧而封锁了东京。但就在这一“大共鸣”发生6天后,失去意识的人们好像什么都没发生过一样地醒来了…
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100年前,沙漠之都——迪塞尔市因为神奇宝贝之间的战斗而遭受严重破坏。那场战斗的起因是由于一只神奇宝贝的存在。在这只神奇宝贝后来被某人封印了,现在的城市也找回了曾经的平静……在小智与皮卡丘一行人的旅途中,他们遇到了幻之神奇宝贝胡帕,以及胡帕的持有者——麦雅丽。喜欢恶作剧的胡帕用不可思议的圆环取出最喜欢的甜甜圈以及各种东西…